4. Khảo sát các biến thể gen liên quan đến ung thư vú bằng dữ liệu giải trình tự ARN
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
Nghiên cứu này nhằm khảo sát các biến thể gen liên quan tới ung thư vú bằng dữ liệu giải trình tự ARN. Chúng tôi thực hiện nghiên cứu với 5 người bệnh ung thư vú và 8 đối chứng lấy từ dữ liệu VN1K. Trên 5 phụ nữ ung thư vú và 8 người khoẻ mạnh đối chứng có độ tuổi tương đồng nhau. Chúng tôi áp dụng phương pháp mô tả cắt ngang để tìm hiểu các biến thể dòng mầm có mặt ở bệnh nhân ung thư vú thông qua giải trình tự ARN mẫu máu. Phân tích kết quả giải trình tự ARN chúng tôi đã xác định được 143 gen có sự khác biệt biểu hiện đáng kể giữa nhóm ung thư vú và nhóm khỏe mạnh. Tiếp đó, chúng tôi thực hiện gọi biến thể trong 143 gen này được 3515 biến thể.Trong đó, 8 biến thể nguy cơ cao được phát hiện, có 2 biến thể đã được biết trong cơ sở dữ liệu dbSNP là rs35400274 và rs34406374. Một biến thể đáng chú ý là c.456G>A (rs35400274) tạo thành bộ ba kết thúc sớm nằm trên gen C17orf107, biến thể này làm giảm mức độ biểu hiện gen ở nhóm ung thư vú so với nhóm chứng Log2FoldChange = -2,49 và p-value =0,002, biến thể này cũng đã được báo cáo có mặt ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng trong cơ sở dữ liệu COSMIC. Biến thể rs7937 được báo cáo liên quan tới tính trạng ung thư vú trong cơ sở dữ liệu GWAS-Catalog do ảnh hưởng tới nồng độ thuốc Letrozole. Kết quả từ nghiên cứu này cung cấp thêm những hiểu biết về con đường bệnh sinh và sự tác động của các biến thể gen với nguy cơ ung thư vú ở phụ nữ.
Chi tiết bài viết
Từ khóa
Biến thể gen, ung thư vú, giải trình tự ARN.
Tài liệu tham khảo
2. Ellisen LW, Haber DA. Hereditary breast cancer. Annu Rev Med. 1998; 49: 425-436. doi:10.1146/annurev.med.49.1.425.
3. de Nóbrega M, Cilião HL, de Souza MF, et al. Association of polymorphisms of PTEN, AKT1, PI3K, AR, and AMACR genes in patients with prostate cancer. Genet Mol Biol. 2020; 43(3): e20180329. doi:10.1590/1678-4685-GMB-2018-0329.
4. Bakhtiarizadeh MR, Alamouti AA. RNA-Seq based genetic variant discovery provides new insights into controlling fat deposition in the tail of sheep. Sci Rep. 2020; 10(1): 13525. doi:10.1038/s41598-020-70527-8.
5. Le TNN, Tran VK, Nguyen TT, et al. BRCA1/2 Mutations in Vietnamese Patients with Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome. Genes. 2022; 13(2): 268. doi:10.3390/genes13020268.
6. Hertz DL, Douglas JA, Kidwell KM, et al. Genome-wide association study of letrozole plasma concentrations identifies non-exonic variants that may affect CYP2A6 metabolic activity. Pharmacogenet Genomics. 2021; 31(5): 116-123. doi:10.1097/FPC.0000000000000429.
7. GARCÍA PARRA-PÉREZ FA, ZAVALA-POMPA A, PACHECO-CALLEROS J, et al. Monosomy of chromosome 8 could be considered as a primary preneoplastic event in breast cancer: A preliminary study. Oncol Lett. 2012; 3(2): 445-449. doi:10.3892/ol.2011.484.
8. Tate JG, Bamford S, Jubb HC, et al. COSMIC: the Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer. Nucleic Acids Res. 2019; 47(D1):D941-D947. doi:10.1093/nar/gky1015.
9. Nedeljkovic I, Lahousse L, Carnero-Montoro E, et al. COPD GWAS variant at 19q13.2 in relation with DNA methylation and gene expression. Hum Mol Genet. 2018; 27(2): 396-405. doi:10.1093/hmg/ddx390.