Thẩm định quy trình giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) nhắm đích gen CPT1A trên mẫu máu khô của bệnh nhi nghi ngờ thiếu hụt carnitine palmitoyltransferase 1A tại Việt Nam
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
Thiếu hụt carnitine palmitoyltransferase 1A (CPT1A deficiency) là rối loạn oxy hóa acid béo bẩm sinh hiếm gặp, đặc trưng bởi tăng carnitine tự do (C0) và giảm acylcarnitine chuỗi dài (C16, C18). Nghiên cứu nhằm hoàn thiện quy trình giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) nhắm đích trên gen CPT1A và xác định đột biến gây bệnh ở bệnh nhi có kết quả sàng lọc sơ sinh nghi ngờ. Hai mươi mốt cặp mồi bao phủ toàn bộ vùng mã hóa của gen CPT1A được thiết kế và thẩm định. Phản ứng PCR được thực hiện trên mẫu máu khô và mẫu chứng, sau đó tiến hành giải trình tự trên nền tảng DNBSEQ-G200. Kết quả NGS đạt chất lượng vượt chuẩn lâm sàng với %Q30 = 84,5%, tổng số đọc 14,65 triệu, tỷ lệ trùng lặp 9,8%, độ sâu trung bình 127,77 - 6.932,05× và độ bao phủ ≥ 20× đạt 100%. Trên mẫu bệnh nhi nghi ngờ phát hiện 9 biến thể dị hợp tử, tất cả đều được phân loại là lành tính theo ClinVar và gnomAD. Mặc dù hồ sơ acylcarnitine gợi ý mạnh thiếu hụt CPT1A, nghiên cứu chưa ghi nhận biến thể gây bệnh, cho thấy sự cần thiết phải kết hợp đa phương pháp và mở rộng nghiên cứu trên quần thể lớn hơn.
Chi tiết bài viết
Từ khóa
Thiếu hụt CPT1A, gen CPT1A, giải trình tự thế hệ mới (NGS), rối loạn oxy hóa acid béo, sàng lọc sơ sinh
Tài liệu tham khảo
2. Lee K, Pritchard A, Ahmad A. Carnitine Palmitoyltransferase 1A Deficiency. 2005 Jul 27 [Updated 2025 Feb 20]. In: Adam MP, Bick S, Mirzaa GM, et al., editors. GeneReviews® [Internet]. Seattle (WA): University of Washington, Seattle; 1993-2025. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1527/.
3. Baruteau J, Sachs P, Broué P, et al. Clinical and biological features at diagnosis in mitochondrial fatty acid beta-oxidation defects: a French pediatric study of 187 patients. J Inherit Metab Dis. 2013; 36(5): 795-803. doi:10.1007/s10545-012-9542-6.
4. Gillingham MB, Hirschfeld M, Lowe S, et al. Impaired fasting tolerance among Alaska native children with a common carnitine palmitoyltransferase 1A sequence variant. Mol Genet Metab. 2011; 104(3): 261-264. doi:10.1016/j.ymgme.2011.06.017.
5. Merritt JL 2nd, Norris M, Kanungo S. Fatty acid oxidation disorders. Ann Transl Med. 2018; 6(24): 473. doi:10.21037/atm.2018.10.57.
6. Richards S, Aziz N, Bale S, et al; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015; 17(5): 405-424. doi:10.1038/gim.2015.30.
7. Li MM, Datto M, Duncavage EJ, et al. Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists. J Mol Diagn. 2017; 19(1): 4-23. doi:10.1016/j.jmoldx.2016.10.002.
8. Tạ Văn Thạo, Trần Thị Chi Mai, Đặng Thị Thanh Mai, và cs. Thiết kế và tối ưu hóa phản ứng PCR phân tích gen CPT1A trong chẩn đoán thiếu hụt carnitine palmitoyltransferase 1A tại Việt Nam. Tạp chí Nghiên cứu Y học. 2025; 197(12).
9. Goodwin S, McPherson JD, McCombie WR. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet. 2016; 17(6): 333-351. doi:10.1038/nrg.2016.49.