5. Đặc điểm hệ gen biến thể Alpha và Delta của sars-cov-2 ở bệnh nhân Covid-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
Sars-Cov-2 liên tục đột biến tạo ra các biến thể mới có tốc độ lây lan nhanh chóng, làm giảm hiệu lực vaccine và chẩn đoán. Đã ghi nhận nhiều biến thể với tần xuất đột biến khác nhau, trong đó Alpha và Delta tạo ra các đợt bùng phát dịch COVID-19 trên toàn cầu từ 2020 và 2021. Dòng B.1.1.7 (Alpha) và AY.57, B.1.617.2 (Delta) mang nhiều đột biến gen S, làm tăng tải lượng vi rút và tốc độ lây lan. Mục đích của nghiên cứu là mô tả đặc điểm hệ gen của biến thể Alpha và Delta ở bệnh nhân COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương. Kết quả ghi nhận: hai biến thể đều mang đột biến ở tất cả các gen, tuy nhiên hầu hết chúng khác nhau ở vị trí nucleotide. Bên cạnh đó vẫn có những đột biến chung ở cả hai biến thể như G28881A/T(R203K/M) (gen N), C14408T (P314L) (gen ORF1b), A23403G (D614G), C23604A (P681H) (gen S). Hai biến thể có sự khác biệt ở nhiều vị trí đột biến, nhưng chúng vẫn mang bốn điểm đột biến chung ở gen N, ORF1b và S.
Chi tiết bài viết
Từ khóa
Sars-Cov-2, Coronavirus, genome, RNA, đột biến
Tài liệu tham khảo
2. Bản tin cập nhật COVID-19 tính đến 18h00 ngày 24 tháng 11 năm 2021.
3. Quyết định 1125/QĐ-BYT ngày 08 tháng 02 năm 2021 về việc ban hành Hướng dẫn chăm sóc người bệnh viêm đường hô hấp cấp do vi rút SARS-CoV-2 trong cơ sở khám bệnh, chữa bệnh (2021).
4. Quyết định số 4689/QĐ-BYT ngày 06 tháng 10 năm 2021 về việc ban hành Hướng dẫn chẩn đoán và điều trị COVID-19 (2021).
5. Quyết định số 250/QĐ-BYT ngày 28 tháng 01 năm 2022 về việc ban hành Hướng dẫn chẩn đoán và điều trị COVID-19 (2022).
6. Ahmad Abu Turab Naqvi KF, Taj Mohammad, Urooj Fatima, Indrakant K. Singh, Archana Singh, Shaikh Muhammad Atif, Gururao Hariprasad, Gulam Mustafa Hasan, Md. Imtaiyaz Hassan. Insights into SARS-CoV-2 genome, structure, evolution, pathogenesis and therapies: Structural genomics approach. BBA - Molecular Basis of Disease. 2020;1866(10).
7. Fearns JNBaR. Genetic Instability of RNA Viruses. Genome Stability. 2016;2:21-35.
8. Tang J, Novak T, Hecker J, et al. Cross-reactive immunity against the SARS-CoV-2 Omicron variant is low in pediatric patients with prior COVID-19 or MIS-C. Nat Commun. May 27 2022; 13(1): 2979. doi: 10.1038/s41467-022-30649-1.
9. Thạch PN. COVID-19 - Sách chuyên khảo dành cho nhân viên y tế. 2021.
10. Nguyen TT, Pham TN, Van TD, et al. Genetic diversity of SARS-CoV-2 and clinical, epidemiological characteristics of COVID-19 patients in Hanoi, Vietnam. PLoS One. 2020; 15(11): e0242537. doi: 10.1371/journal.pone.0242537.
11. Liu LT, Tsai JJ, Chang K, et al. Identification and Analysis of SARS-CoV-2 Alpha Variants in the Largest Taiwan COVID-19 Outbreak in 2021. Front Med (Lausanne). 2022; 9: 869818. doi: 10.3389/fmed.2022.869818.
12. Al-Rashedi NAM, Alburkat H, Hadi AO, et al. High prevalence of an alpha variant lineage with a premature stop codon in ORF7a in Iraq, winter 2020-2021. PLoS One. 2022; 17(5): e0267295. doi: 10.1371/journal.pone.0267295.
13. Feng Z, Cui S, Lyu B, et al. Genomic characteristics of SARS-CoV-2 in Beijing, China, 2021. Biosaf Health. Aug 2022; 4(4): 253-257. doi: 10.1016/j.bsheal.2022.04.006.
14. Sander AL, Yadouleton A, de Oliveira Filho EF, et al. Mutations Associated with SARS-CoV-2 Variants of Concern, Benin, Early 2021. Emerg Infect Dis. Nov 2021;27(11):2889-2903. doi: 10.3201/eid2711.211353.
15. Zhan Y, Yin H, Yin JY. B.1.617.2 (Delta) Variant of SARS-CoV-2: features, transmission and potential strategies. Int J Biol Sci. 2022; 18(5): 1844-1851. doi: 10.7150/ijbs.66881.
16. Elliott P, Haw D, Wang H, et al. Exponential growth, high prevalence of SARS-CoV-2, and vaccine effectiveness associated with the Delta variant. Science. Dec 17 2021; 374(6574): eabl9551. doi: 10.1126/science.abl9551.
17. Safari I, Elahi E. Evolution of the SARS-CoV-2 genome and emergence of variants of concern. Arch Virol. Feb 2022; 167(2): 293-305. doi: 10.1007/s00705-021-05295-5.
18. Weng S, Shang J, Cheng Y, et al. Genetic differentiation and diversity of SARS-CoV-2 Omicron variant in its early outbreak. Biosaf Health. Jun 2022; 4(3): 171-178. doi: 10.1016/j.bsheal.2022.04.004.
19. Feng S, Ali MS, Evdokimova M, et al. Sequencing during Times of Change: Evaluating SARS-CoV-2 Clinical Samples during the Transition from the Delta to Omicron Wave. Viruses. Jun 28 2022; 14(7). doi: 10.3390/v14071408.
20. Nikolaidis M, Papakyriakou A, Chlichlia K, Markoulatos P, Oliver SG, Amoutzias GD. Comparative Analysis of SARS-CoV-2 Variants of Concern, Including Omicron, Highlights Their Common and Distinctive Amino Acid Substitution Patterns, Especially at the Spike ORF. Viruses. Mar 29 2022; 14(4). doi: 10.3390/v14040707.
21. Chakraborty C, Bhattacharya M, Sharma AR, Dhama K, Lee SS. Continent-wide evolutionary trends of emerging SARS-CoV-2 variants: dynamic profiles from Alpha to Omicron. Geroscience. Jul 13 2022. doi: 10.1007/s11357-022-00619-y.